近未来，日本政要为了推进社会的发展，宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士（长岛一茂饰）参与其中，谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后，光明寺博士不明不白死于事故，身后留下了正上大学的女儿美津（佐津川爱美饰）以及还未成年的儿子小胜（池田悠斗饰）。某个夜晚，姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持，危机时刻一名神秘男子出手相助，随后该男子竟然现出战斗机器人的模样，他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎（入江甚仪饰）。光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起，而更大的危机和阴谋正向他们逼近……

故事背景设定在太平洋战争中后期，日本海军在中途岛海战中被美海军大败；第一机动舰队4艘航母被击沉；联合舰队司令长官山本五十六大将战死，太平洋上各岛屿的日军守备部队先后覆没，日海军处于严重不利的形势。昭和19年（公元1944年）的春天，特别少年兵部队的神尾怀着对大和号的憧憬，登上了超弩级战列舰“大和”号的甲板，当时的大和号是日本国民和军人的希望与象征。神尾忍受了舰上严酷的训练，然后迎来了他的第一次实战——莱特湾大海战。在这次海战中，联合舰队事实上已经土崩瓦解。当残酷的战局放在面前，大和号和它的船员们怀着守护国土的决心，起锚迎来它的最后一次悲壮决战。所有的人都很清楚：迎接他们的将是杀气腾腾的美军大批舰载机群.............

海神的女儿波妞从深海出逃玩耍，却被困在玻璃瓶里冲到岸上，碰巧被住在岸边悬崖的宗介救出，两人因此相识。但是波妞的父亲——魔法师藤本，认为人类世界肮脏丑陋，强行把波妞带回海里。面对父亲的阻挠、席卷小镇的海啸，以及永远失去魔法的威胁，波妞仍然大胆而坚决地决定——要变成人类跟宗介在一起。而承诺要永远保护波妞的宗介，也即将面临新的挑战...

风景如画、宁静祥和的海滨小镇，5岁男孩宗介（土井洋辉配音）和妈妈理莎（山口智子配音）相守度日。偶然的一天，宗介在海边见到了一个玻璃瓶，瓶中居然还有一条美丽可爱的小金鱼。金鱼名叫波妞（奈良柚莉爱配音），而她的真实身份居然是人鱼女王的女儿。她偷偷离家玩耍，却不小心被困在玻璃瓶中。宗介将波妞带回自己家，两个小家伙两小无猜，天真无邪，共同渡过了一段短暂而快乐的时光。谁知好景不长，波妞最终被带回海底。这个小女孩无比思念好朋友宗介，于是做出了要变成人的大胆决定。可是，这个决定却给海滨小镇带来前所未有的巨大灾难。