赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？

志愿成为小说作家的青年难波圣人（中村苍 饰），偶然因病住进了医院。为他治疗的医生大河内叶子（田中丽奈 饰）拥有姣好的容貌，宛如女神一般受到周遭人的瞩目，并且凭借精湛的医术和亲和的态度得到患者的一致好评。只不过，她美艳的外表之下却隐藏着不为人知的内心世界。入院未久，接二连三发生的怪事便引起难波的注意，而所有怪事似乎都指向了大河内医生。受到好奇心趋势，难波开始和在医院担任清洁工做的芳贺明善（筱原笃 饰）去探究背后的秘密，却不曾想到，他们将推开怎样一个未知的世界大门……本片根据日本著名作家远藤周作1980年发表的小说改编。